Les outils financiers de la politique de cohésion communautaire sont les fonds structurels européens, dont notamment le FEDER et le FSE. La politique de développement rural est financée quant à elle par le FEADER.

Dans tous les projets les dépenses ne sont éligibles aux différents fonds européens,  que si elles ont été payées entre le 1er janvier 2007 et le 31 décembre 2015. Les opérations cofinancées ne doivent pas être achevées avant la date du début d'éligibilité. Les règles générales d'éligibilité sont établies au niveau national, mais chaque programme à des régimes d'aides spécifiques.

L'aide de l'UE vient uniquement en complément des aides nationales, régionales et locales : c'est le principe de l'additionnalité.