Afin de prévenir et de lutter contre la pollution des eaux du Léman, et d'impulser une politique commune à l'échelle du bassin lémanique, le gouvernement de la république française et le conseil fédéral suisse ont signé en 1962 une convention constituant l'élaboration d'une commission internationale pour la protection des eaux du lac Léman. La délégation française de cette commission est composée des Préfecture de l'Ain et de la Haute-Savoie, de la Préfecture de la Région Rhône-Alpes, du Conseil Général de l'Ain et du Conseil Général de la Haute-Savoie, de la DIREN Rhône-Alpes, du Conseil Régional de Rhône Alpes, de l'Agence de l'Eau Rhône Méditerranée et Corse. La délégation suisse est quant à elle représentée pour le Canton de Vaud, par l'Office fédéral de l'environnement et le Département fédéral des affaires étrangères, pour le Canton de Genève par le Département du Territoire, par le Département de la sécurité et de l'environnement du canton de Lausanne, et pour le Canton du Valais, le Département des transports, de l'équipement et de l'environnement, le Département de l'éducation, de la culture et des sports.

La CIPEL s'organise en différents niveaux. Les représentants cités précédemment se réunissent une fois par an en conseil d'administration. Il est assisté d'une sous-commission technique dans laquelle huit groupes de travail (pollutions domestiques, agricoles, industrielles, renaturation, micropolluants, méthodologie, hydrocarbures, relations publiques) composés d'experts et de scientifiques se concertent pour étudier toutes les questions techniques relatives à la protection des eaux. Un secrétariat se charge de la coordination et de la gestion financière des opérations menées.

La CIPEL mène des actions en vue de la prévention de tout risque de pollution par le biais d'études, et de suivi des eaux du Léman. Elle peut ainsi donner des recommandations aux deux pays afin de diminuer par exemple l'usage du phosphore et du phosphate et donc son rejet dans les eaux, et permettre par la même le maintien ou la restauration d'une eau de qualité. Cette eau de qualité est indispensable pour le renouvellement du milieu aquatique, la pratique des activités de loisirs, et l'utilisation de cette eau comme eau potable après peu de traitement.

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