Les maîtres d'ouvrage français et suisse du projet sont : l'ONF pour la partie française et l'Université de Neuchâtel pour la partie suisse. Le coût total franco‑suisse du projet s'élève à 1 665 955 euros dont 1 120 500 euros en France et 545 455 euros en Suisse. Le financement européen FEDER accordé au titre du programme Interreg France Suisse (au comité de programmation du 7 novembre 2008) s'élève à 672 300 euros.

Le Conseil Général 74 cofinance l'opération à hauteur de 26 000 euros. Cette subvention est accordée au SIEM (Syndicat Intercommunal des Eaux des Moises), partenaire du projet, pour les actions prévues sur le site Moises‑Forchat et portées par le SIEM. Les crédits départementaux sont pris sur les lignes budgétaires du Service de l'Eau, qui suit techniquement le projet.

Le projet Alpeau permettra la mise au point d'outils concrets, utilisables par les acteurs de l'approvisionnement en eau potable et de la forêt, pour optimiser la gestion forestière au regard des enjeux de préservation durable de la ressource en eau potable. Ces outils seront mis à disposition sous forme d'un « guide des pratiques forestières contribuant à la protection de la ressource en eau potable dans l'arc alpin ». Il traitera notamment de questions soulevées par les territoires expérimentaux du projet telles que les alternatives au traitement chimique des bois ou l'impact de la desserte forestière sur la qualité des eaux. Il comprendra aussi des propositions de modalité de partenariat entre acteurs de la forêt et de l'eau potable sur le plan institutionnel, réglementaire et financier. Sur le plan de la sensibilisation, et de la communication, le projet ALPEAU produira des publications allant du niveau scientifique, jusqu'au grand public. Par ailleurs des formations concrètes, incluant de nombreuses tournées de terrain auront été réalisées et auront pour résultat attendu d'installer un dialogue pérenne entre les acteurs de l'eau potable et de la forêt, tant au niveau des territoires pilotes du projet qu'au niveau des partenaires franco‑suisses impliqués dans le projet.